não sei exatamente a dinâmica, mas no firefox o yomichan não funciona com PDFs, imagino que tenha algum isolamento?
de qualquer forma, achei essa ferramenta aqui: https://www.loudreader.com/
ela não renderiza num canvas nem nada assim, mas no DOM, então a extensão do yomichan funciona perfeita :)
bom para ler game scripts em formato PDF, tipo o do pokemon let’s go eeve https://www.mediafire.com/folder/s7c87y07vsv0t/Game_Scripts